​Il Consiglio Direttivo guida e amministra il Museo, assicurandone il corretto funzionamento e la realizzazione delle attività, sia ordinarie che straordinarie. È composto da un minimo di 3 a un massimo di 8 membri scelti tra i Soci Onorari e Benemeriti.

Tra le sue principali competenze:

• Definizione degli organi interni e della struttura organizzativa

• Approvazione del bilancio d’esercizio e del bilancio sociale

• Possibilità di delegare funzioni specifiche a un Comitato Esecutivo o a singole figure

I membri operano secondo il principio del metodo collegiale, con incarico triennale e possibilità di rielezione.​